Acho que depende. Na luta entre Kisame e o time Gai no começo da fase Shippuuden, Kisame cria Mizubunshins para defender os ataques de taijutsu de Lee, Neji e Tenten. Em compensação, depois faz outro clone de água que é destruido por Gai com só um bate do Nunchaku no peito.
Na luta de Gaara e Sasuke no exame chunnin, Gaara cria um clone de areia para defender armas lançadas, em compensação o clone é destruido com uma "cotovelada" do Sasuke no pescoço.
Há outros exemplos que não lembro agora. Eles podem defender o ataque de taijutsu, desde que não sejam atingidos diretamente, pois golpes comuns os destroem. Ninjutsu, acho mais complicado, a menos que use um jutsu (ai precisa ser um clone com fluxo de chakra) para defender o ataque. Genjutsu, nunca pensei na utilidade de alguem atacar clone com genjutsu
'-'
Acho que depende mais da sua narração, pois como o Dragon disse, eles tem a mesma habilidade do original.